柯薩奇病毒B5基因組進化存在結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)VP4的重組
作者：答嶸; 王偉 西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院檢驗科; 陜西西安710061; 西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院神經(jīng)外科; 陜西西安710061
摘要：目的重組是腸道病毒進化的重要機制,大多數(shù)重組事件發(fā)生在包括P2和P3的腸道病毒的非編碼區(qū)中,但是在埃可病毒30株中首次發(fā)現(xiàn)了作為蛋白質(zhì)編碼區(qū)的VP4區(qū)域中的重組,本研究旨在探討柯薩奇病毒B5(CVB5)中是否存在類似的重組事件。方法從GenBank中檢索CVB5的核苷酸序列,分別在5′UTR和VP1區(qū)域中進行系統(tǒng)發(fā)育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因組用于檢測重組并使用序列相似性作圖(Similarity plot)來分析重組體。結(jié)果5′UTR和VP1系統(tǒng)發(fā)育樹顯示5′UTR和VP1之間有4個病毒株位于不同簇中,表明這些病毒株中存在重組事件。Similarity plot分析表明,CVB5 AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2區(qū)域存在交叉,序列分析證明VP4區(qū)域存在重組位點。結(jié)論CVB5在VP4區(qū)域具有重組事件,表明結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)亦可作為CVB5重組的候選基因位點。
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